FH UB memiliki Gugus Jaminan Mutu (GJM). GJM bertugas menetapkan  Kebijakan Akademik, Standar Akademik, Peraturan Akademik, Manual Mutu akademik, Kompetensi Program Studi dan Spesifikasi Lulusan. GJM, di samping melakukan evaluasi terhadap pelaksanaan proses belajar mengajar secara periodik setiap menjelang akhir semester juga membuat laporan analisis keberhasilan dan kegagalan mahasiswa selama mengikuti proses belajar untuk disampaikan kepada Dekan.

Untuk menjaga mutu pelaksanaan proses belajar mengajar, setiap mata kuliah telah tersedia silabus mata kuliah yang dibuat oleh kelompok dosen mata kuliah yang bersangkutan dan secara periodik koordinator  dosen mata kuliah melakukan koordinasi, evaluasi dan memonitor setiap kegiatan proses belajar mengajar.

Penguji dari luar (external examiner) dilibatkan dalam ujian akhir mahasiswa (ujian skripsi) sepanjang materi yang diujikan memerlukannya. Untuk perbaikan kualitas  proses belajar mengajar, FHUB selalu melakukan evaluasi proses belajar pada setiap semester melalui pengumpulan pendapat mahasiswa. Hasil pengumpulan pendapat menjadi umpan balik bagi perbaikan penyelenggaraan proses belajar mengajar semester berikutnya. Perbaikan kualitas proses belajar mengajar juga dilakukan melalui penyelerasan dan pembaharuan kurikulum. Dengan melibatkan seluruh komponen, baik dosen, mahasiswa, pemangku kepentingan dan alumni,  FHUB melakukan penyempurnaan kurikulum secara priodik setiap 5 (lima) tahun.